Efter att ministerrådet godkänt ett direktivet skickas den till parlamentet för en andra läsning. Den andra läsning för mjukvarupatentdirektivet är planerad att börja i slutet av våren eller början av sommaren. Detta för att dokumenten måste översättas till EU:s alla officiella språk innan en läsning får börja.
Innan den andra läsningen kan EU-parlamentet rösta om de ska förkasta direktivet. Om de inte förkastar direktivet så har de tre månader på sig att behandla den. I normala fall kan de under en andra läsning inte föreslå några förändringar av direktivet. Då återstår alternativen att antingen förkasta eller att anta direktivet.
Under processen av mjukvarupatentdirektivet var det dock ett EU-parlamentsval emellan. Det innebär att EU-parlamentet under den andra läsningen får komma med förslag till förändringar av direktivet. EU-parlamentet har därmed tre alternativ: De kan nu förändra, förkasta eller anta direktivet.
Ett stort problem är att varje förslag till förändring kräver sin egen omröstning. Dessutom krävs det en absolut majoritet (367 röster) vid varje omröstning för att förslagen ska antas. För att förkasta direktivet krävs det också en absolut majoritet av EU-parlamentets röster.
Även om EU-parlamentet bara lyckas få igenom en enda förändring så skickas direktivet tillbaka till ministerrådet. Vid den första läsningen har EU-parlamentet ingen beslutande makt. De kan endast ge sin åsikt på direktivet. Sen är det upp till kommissionen att bestämma om de vill ta hänsyn till EU-parlamentets åsikter. Vid den andra läsningen har EU-parlamentet en beslutande makt. När direktivet skickas tillbaka till ministerrådet så har ministerrådet tre månader på sig att behandla direktivet. Ministerrådet kan nu antingen anta EU-parlamentets ändringar eller avvisa dem.
Om ministerrådet inte väljer att anta de förslagna förändringarna så måste förlikningskommittén kallas in inom sex veckor. Denna kommitté har sex veckor på sig att ta fram ett utkast utifrån EU-parlamentets senaste lagstiftningsresolution. Om kommittén inte lyckas ta fram ett utkast så förkastas hela direktivet.
Om kommittén lyckas enas om ett utkast skickas denna tillbaka till både EU-parlamentet och till ministerrådet för att formellt antas. Båda instituterna måste godkänna utkastet för att den ska antas.
Det kan inte ha undgått någon att ministerrådet misstänks för att ha brutit mot sina egan procedurregler (mer om detta i en kommande text). Därför har röster höjts för att ställa ministerrådet inför EG-domstolen. I nuläget är dock bevisläget för svagt för en sådan handling. Det är däremot inte uteslutet att ställa ministerrådet inför EG-domstolen om det dyker upp starka bevis.